El pensamiento de Time Machine es hacer una copia de seguridad de todo excepto de lo que le digas que no y del propio disco duro de Time Machine. No debería importar cuántas unidades de disco tengas conectadas, todas deberían ser respaldadas en la cápsula del tiempo sin problemas. En otras palabras, puedes hacer una copia de seguridad de múltiples fuentes pero sólo en un destino, siempre y cuando este destino aparezca como una única unidad lógica en el Finder.
Comprueba en Sys Prefs > Time Machine > Options si el otro HD no se añade simplemente a la lista de excepciones, no veo cómo podría acabar ahí por sí mismo, pero por si acaso.
Y no creo que puedas seguir trabajando con la misma copia de seguridad, ya que dividiste los datos en 2 unidades lógicas separadas. Time Machine simplemente no piensa así. Es mejor empezar de cero, tal vez haciendo una copia de seguridad del conjunto actual de copias de seguridad en otra unidad si necesitas conservar todas las copias de seguridad anteriores... Algunas personas necesitan poder retroceder en el tiempo a un punto específico. A mí sólo me importa tener una copia actualizada, no me importa mucho tener 30 diferentes.
