Yo también tuve problemas con los ventiladores en mi macbook (Black 2006) y de hecho también instalé el Fan Control. Pensé que nunca tendría que ver esa aplicación de nuevo! jaja.
Bien. Lo primero es lo primero. Es bastante normal que Flash haga girar el ventilador como un loco. También ocurre en mi máquina, ya que hace un uso intensivo del procesador.
En segundo lugar, por lo que sé, los Macbooks sólo tienen un ventilador, a diferencia de los iMacs, por ejemplo, así que si ese es el caso de su máquina (que es lo más probable, pero sólo para asegurarse de la investigación), no debe preocuparse por el -1.
Y por último: no. La velocidad de los ventiladores no debería afectar al rendimiento de tu máquina. Lo sé porque cuando tuve problemas con el mío mi macbook sólo se sobrecalentaba/hacía ruido pero funcionaba como siempre. El ventilador incluso murió y mi macbook siguió funcionando (aunque es peligroso hacer funcionar un ordenador sin ventilador). No me di cuenta de que esto sucedía y finalmente se sobrecalentó a unos 90-100 grados centígrados lo que hizo que se apagara automáticamente por seguridad. ¿Qué quiero decir? Ni siquiera me di cuenta, porque mi mac nunca se ralentizó.
Así que supongo que tus problemas se deben a otra cosa.
Firevalut podría ser una razón, y bastante grande si tu disco está muy saturado. Incluso con Firevalut desactivado, el desorden del disco puede ralentizar su ordenador si es excesivo, especialmente en el arranque.
RAM podría especialmente si se ejecutan aplicaciones de uso intensivo de memoria. Tu macbook debería poder recibir una actualización. Su manual debe tener más información sobre eso, como hasta lo que puede ampliar (tal vez 4 u 8 GB).
¿Qué sistema operativo tienes? Si todavía tienes Leopard, te recomiendo Snow Leopard: libera espacio en el disco y tiene algunas otras optimizaciones.
Y por último, sus aplicaciones. Comprueba si alguna aplicación se está comiendo tu CPU en segundo plano utilizando el Monitor de Actividad (Aplicaciones/Utilidades/Monitor de Actividad). Además, comprueba en las Preferencias del Sistema si hay alguna aplicación que se esté cargando al iniciar la sesión (Cuentas > Elementos de acceso tab). Intenta deshacerte de algunas aplicaciones en segundo plano que no necesites.
Espero que le sirva de ayuda. Cualquier otra cosa que necesites sólo tienes que decírmelo.