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¿Debo utilizar un gestor de paquetes?

Quiero llevar la cuenta de qué archivos pertenecen a qué aplicación Para que cuando desinstale una aplicación, pueda estar seguro de que todos sus archivos han desaparecido, incluyendo los archivos de configuración, las dependencias que pueda tener instaladas, etc.

  1. Hay aplicaciones de interfaz gráfica que pueden descargarse y simplemente arrastrar y soltar en la carpeta de Aplicaciones, como GIMP o TextMate . ¿Es ésta la mejor manera de instalar esas aplicaciones, o debería utilizar un gestor de paquetes para ellas? ¿Puedo estar seguro de que estas aplicaciones no instalan nada fuera de su carpeta de aplicaciones? ¿Borrar una aplicación de la carpeta de aplicaciones es una desinstalación "limpia"?
  2. Hay aplicaciones como Python que vienen con un instalador ( .mpkg ). ¿Es la mejor manera de instalar estas aplicaciones, o debería utilizar un gestor de paquetes? ¿Cómo puedo saber qué archivos han tocado estos instaladores, y cómo podría deshacer todo lo que hace ese instalador de forma limpia?

Estoy interesado en algún tipo de mejores prácticas para lo cual se recomienda utilizar un gestor de paquetes, y cuando sólo instalarlo como se ha dicho anteriormente es lo suficientemente "limpio".

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Como no instalo y desinstalo multitud de aplicaciones a diario, prefiero utilizar algo que no suponga una carga constante para mi sistema como puede hacer un gestor de paquetes.

Utilizo una aplicación muy sencilla pero muy eficaz llamada AppCleaner (vaya nombre), que sólo funciona cuando lo pido.

AppCleaner

Encontrará todos los archivos relacionados con una aplicación determinada y me los mostrará antes de que le dé a eliminar.

Permite la deselección de controladores ect. si quieres mantenerlos por alguna razón.

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