¿Cómo hacer que Karabiner funcione con Intellij en Mac?

Puedes editar las reglas de Karabiner para ignorar completamente a IntelliJ, entonces, puedes usar los keymaps de IntelliJ para cambiar las teclas como quieras.

También puede crear sus propias reglas en Karabiner para reasignar claves para IntelliJ si lo desea.

El archivo de configuración de Karabiner se encuentra en ~/.config/karabiner/karabiner.json y la edición no es muy compleja, se pueden utilizar comparadores como frontmost_application_unless y frontmost_application_if para seleccionar a qué aplicación se aplica el mapa de teclas.

Lo que hice fue importar algunos keymaps predefinidos para entender el formato del archivo, y usarlos como ejemplo para modificar los que me interesaban.

Por ejemplo, para Ctrl+C era esto, así que puedes adaptarlo a tus necesidades:

{
  "description": "Copy Command (Except IntelliJ IDEs)",
  "manipulators": [
    {
      "conditions": [
        {
          "bundle_identifiers": [
            "^com\\.jetbrains\\..*$"
          ],
          "type": "frontmost_application_unless"
        }
      ],
      "from": {
        "key_code": "c",
        "modifiers": {
          "mandatory": [
            "control"
          ],
          "optional": [
            "any"
          ]
        }
      },
      "to": [
        {
          "key_code": "c",
          "modifiers": [
            "left_command"
          ]
        }
      ],
      "type": "basic"
    }
  ]
}