La respuesta a tu pregunta es "no". No es posible tener dos ordenadores, ambos con el mismo ID de Apple, para guardar archivos o datos en dos instancias independientes de almacenamiento de iCloud.
Sin embargo, puede haber algo más en su pregunta. "iCloud" se compone de varias funciones diferentes, como iCloud Drive, iCloud Photos, la sincronización de Contactos y Calendarios, etc. Has señalado que "todo lo del Air parece haberse transferido al Pro" y que "quería mantener los dos escritorios diferentes". Parece que te refieres a la función "Escritorio y Documentos" de iCloud. Esto sincroniza tu carpeta de Documentos y tu Escritorio entre dispositivos, y puede ser controlado independientemente de las otras características de iCloud. Para desactivarla:
- Ve a Preferencias del Sistema > iCloud
- Haz clic en el botón "Opciones" junto a "iCloud Drive"
- Desmarque la casilla "Carpetas de escritorio y documentos".
- Opcionalmente, desmarca cualquier otra aplicación que no quieras usar o sincronizar con iCloud
De este modo, puedes seguir disfrutando de las ventajas de iCloud, como la sincronización del Calendario y los Contactos, las compras en el Mac App Store y un espacio compartido en iCloud Drive para los archivos y las apps seleccionadas, sin tener sincronizadas las carpetas de Documentos y Escritorio. Si no quieres ninguna de esas cosas, simplemente cierra la sesión de iCloud en tu nuevo dispositivo, crea un ID de Apple independiente e inicia sesión con él.