¿Usaste definitivamente la línea de comandos para borrar la carpeta?
Un comportamiento que me ha parecido extraño algunas veces en OS X es que si estás trabajando en una carpeta en la Terminal pero luego la borras en el Finder, puedes seguir trabajando con la carpeta perfectamente en la Terminal. Incluso en su nuevo hogar dentro de la Papelera.
Si tratas de abrir la Papelera en el Finder y acceder a cualquier cosa que haya allí sólo obtendrás un error, pero dentro de Terminal puedes trabajar con los mismos archivos bastante felizmente. Incluso puedes lanzarlos desde allí y seguir trabajando con ellos en otras aplicaciones perfectamente (por ejemplo abriendo un archivo txt en TextWrangler).
Además, si escribes "abrir " en el Terminal, se abrirá la carpeta en una ventana del Finder y todo parecerá correcto hasta el momento en que intentes abrir un archivo, momento en el que el Finder te dirá "El documento XXX no se puede abrir porque está en la Papelera".
Para hacer las cosas aún más extrañas, aunque otras aplicaciones identificarán la ruta de la carpeta y su contenido como ~/.Trash/foldername si escribes pwd en el Terminal seguirá pensando que está en la ubicación anterior.
Si no hubieras reiniciado te hubiera sugerido que hicieras clic con el botón derecho en el título de la ventana para ver si la carpeta de la ventana del Finder está donde creías que estaba. Pero ahora que has reiniciado... :)
