He instalado Stanza en el iPad y he intentado cargar los archivos epub en él. Falló, pero indicó que contenedor.xml no estaba. Esa era la pista correcta: había creado archivos zip a partir de los archivos de texto modificados que contenían un directorio, y ese directorio contenía todos los archivos epub: mimetype, META-INF con container.xml y OEBPS.
Volver a empaquetar el zip con los archivos en root del archivo devolvió el orden y la paz.
Así que iBooks tenía razón después de todo. Tengo que echar un vistazo a lo que Sigil validó
El validador que mencionó Mark ha sido instalado por la IDPF y está disponible en su página web para su uso en línea. Efectivamente, menciona que faltan container.xml y mimetype. Es extraño que calibre e iTunes hayan aceptado estos archivos.
Última actualización: Sigil carga los archivos epub malformados, pero los guarda en el formato correcto. Supongo que valida el formato almacenado en su memoria.