Segundo SSD como disco de arranque principal, ¿qué hago con el antiguo sistema de archivos?

Si quieres poner tus archivos más usados en el SSD y los que se usan con menos frecuencia en el HDD, podrías haga su propia Unidad de Fusión . Estoy parafraseando las instrucciones aquí:

1. Haz una copia de seguridad de Time Machine de todo. EL PROCESO DE FABRICACIÓN DE LA UNIDAD DE FUSIÓN WILL ¡BORRA LOS DOS DISCOS!
2. Crear una unidad USB de arranque de OS X . Si no puedes, no pasa nada, pero si lo haces, el Recovery HD vivirá en el SSD. Si no te importa eso, puedes saltarte este paso.
3. Arranca en tu nueva unidad de arranque (o en el Recovery HD, si no te importa si el Recovery HD vive en el SSD o en el HDD).
4. Abra el Terminal y ejecute diskutil list
5. Toma nota de los identificadores (las designaciones "disk#s#") de las unidades que quieres utilizar como parte de la unidad de fusión. Si estás en una unidad de arranque, puedes usar todo el HHD, pero si estás en el Recovery HD, tendrás que usar sólo la partición que no es EFI ni Recovery HD.
6. Introduzca el comando diskutil coreStorage create [arbitrary name that you won't have to look at anywhere but in Terminal] [the disk identifiers, separated by a space]
7. Cuando ese proceso haya terminado, una de las últimas líneas de la salida debería ser Core Storage LVG UUID: [long string of letters and numbers] . Esa larga cadena es el UUID de tu Grupo de Volumen Lógico, y lo necesitarás para el siguiente paso.
8. Ahora ejecute el comando diskutil coreStorage createVolume [the UUID from the last step] jhfs+ "Macintosh HD" 100%
9. Una vez hecho esto, tu ordenador tendrá oficialmente un único "volumen" llamado Macintosh HD. Ahora puedes reinstalar OS X en él y restaurarlo a partir de tu copia de seguridad de Time Machine, y éste migrará automáticamente los archivos entre el SSD y el HDD en función de la frecuencia de su uso.

Buena suerte.