FileVault provoca un largo tiempo de arranque y un terrible retraso en la pantalla de inicio de sesión

Llevo más de una semana luchando con este peculiar problema. Aparece cuando tengo el FileVault activado y se comporta así: al arrancar el portátil tarda 2 o 3 minutos hasta que llega a la pantalla de inicio de sesión y una vez que llega no puedo escribir nada y apenas puedo mover el cursor.

Mi configuración actual es: rMBP de 13 pulgadas con MacOS Sierra, 8GB de RAM y alrededor del 30% de espacio disponible en disco. He intentado un restablecimiento de la PRAM/SMC pero no se ha bloqueado. También la herramienta de diagnóstico no devolvió ningún error y en el modo de recuperación no pude encontrar ningún error de disco para arreglar (antes y después de desactivar FileVault). Incluso si arranco en modo seguro con éxito, después de reiniciar se pone en el mismo problema de nuevo.

He probado a revisar el registro del sistema, a desactivar archivos .plist inútiles y a lanzar demonios que podrían haber influido en el tiempo de arranque. También he probado a desconectar todos mis periféricos y es la misma situación. Sin embargo, con el FileVault desactivado no se queda atascado en la pantalla de inicio de sesión, pero sigue necesitando 1 minuto para arrancar.

Sé de un problema similar con el demonio MySQL en Sierra, pero no es mi caso... No tengo ninguna base de datos instalada en local. Lo único serían varios paquetes homebrew que no veo cómo podrían influir en el tiempo de arranque. He estado bastante desesperado con este tema y he tratado de evitar empezar de cero con una instalación limpia, porque eso implicaría mucha configuración.

Una cosa que recuerdo es que en El Capitán no tenía este problema en absoluto ni nada relacionado con el arranque y el tiempo de arranque era generalmente de varios segundos. ¿Hay alguna solución o al menos un método que me dé una pista de lo que está tardando en arrancar mi máquina? Cualquier ayuda será muy apreciada.