La Utilidad de Discos no repara los permisos

Utilizando el espacio de respuesta para el formato y el "tamaño de los comentarios", no estoy seguro de que esto sea realmente una "solución" completa, pero tal vez un puntero en la dirección correcta. Puede ser actualizado/enmendado para llegar a la respuesta correcta, si es necesario.

Nota: Los permisos de los enlaces simbólicos no tienen efecto. Es necesario comprobar los permisos del archivo/directorio de destino - aunque de hecho los permisos son "correctos" en este caso, son los propios enlaces los que no son los esperados.

Permissions differ on "Applications/Safari.app/Contents/Resources/Safari.help/Contents/Resources/index.html"; should be lrwxr-xr-x ; they are -rwxr-xr-x
significa que el Finder piensa que ese archivo debería ser un enlace simbólico, pero no lo es - el enlace se ha roto de alguna manera.

En mi máquina, ese enlace es a /Library/Documentation/Resources/Eagle/index.html

Arreglar == rehacer ese enlace
Desde OSX Daily:Cómo crear enlaces simbólicos en la línea de comandos de Mac OS X

Cómo hacer un enlace simbólico
La sintaxis básica para crear un enlace simbólico (o enlace blando) es la siguiente:

ln -s /path/to/original/ /path/to/link

Eso apuntará a /ruta/al/enlace a la ubicación original, en este caso /ruta/a/original/

Permissions differ on "Applications/Safari.app/Contents/MacOS/SafariForWebKitDevelopment"; should be -rwxr-xr-x ; they are lrwxr-xr-x
piensa que ese debería ser sólo un archivo... pero es un enlace.

El mío también es un enlace, en El Capitán - [que estoy asumiendo que no está en, como usted todavía tiene una opción 'Fix Permissions' en la Utilidad de Disco] - a /Library/Application Support/Apple/Safari/SafariForWebKitDevelopment

Estoy tentado de decir que en ese caso, déjalo como está.
La comprobación de los permisos en El Capitán desde el terminal no da ningún error.

Editar:
Me perdí la primera -
Permissions differ on "tmp"; should be drwxrwxrwt ; they are lrwxrwxrwt

El mío también es un enlace: a /private/tmp así que yo también lo dejaría en paz.