Una opción sería examinar el látexmk y el caucho con sus opciones de limpieza.
Pero dado que la limpieza de los archivos .aux y otros relacionados sólo se recomienda después de la ejecución final de la compilación, lo siguiente parece presentar una solución muy limpia para los usuarios de MacOS. Una forma de limpiar después cuando se utiliza TeXShop con su configuración por defecto es añadir este flexible AppleScript al programa:
[cita] Una solución de TeXShop
Como otros han mencionado, borrar los archivos auxiliares de forma habitual no suele ser una buena idea, especialmente en el caso de documentos complejos. Sin embargo, es útil poder borrarlos manualmente cuando sea necesario.
Utilizo el siguiente Applescript (escrito por Claus Gerhardt) guardado como macro en TeXShop. El script también podría adaptarse a otros editores de Mac. Lo que me gusta de este script es que puedo añadir nuevas extensiones de archivos aux cuando sea necesario, y es capaz de tratar con extensiones aux de múltiples partes como -blx.bib, etc.
--AppleScript
-- Apply only to an already saved file
-- Claus Gerhardt, September 2006
(*This script gets the path of the frontmost (tex) document in TeXShop and removes the corresponding auxilary files the suffixes of which are listed in the list L. Beware of the quotation marks. The list L may contain suffixes to which no corresponding files exist.*)
my remove_auxiliaries()
on remove_auxiliaries()
set L to {".aux", ".synctex.gz", ".fdb_latexmk", ".out", ".toc", ".bbl", ".blg", ".ind", ".sind", ".run.xml","-blx.bib",".log", ".end", ".1"} as list
tell application "TeXShop"
get path of document of window 1
set fileName to result
end tell
set {baseName, texName, pdfName, namePath, dirName, dirNameunquoted, logName, logPath, rtfName, docName} to my setnamebbedit_rootn(fileName)
(*
tell application "TeXShop"
close document docName
end tell
*)
repeat with x in L
try
set shellScript to "cd " & dirName & ";"
set shellScript to shellScript & "rm -f " & baseName & x
do shell script shellScript
end try
end repeat
end remove_auxiliaries
on setnamebbedit_rootn(x)
set n to (number of characters of contents of x)
set fileNamequoted to quoted form of x
set windowName to do shell script "basename " & fileNamequoted
set m to (number of characters of contents of windowName)
set dirName to quoted form of (characters 1 thru (n - m - 1) of x as string)
set dirNameunquoted to (characters 1 thru (n - m - 1) of x as string)
set theText to contents of windowName as string
set n to (number of characters of contents of theText)
set i to n as number
repeat while i > 0
if character i of theText is equal to "." then
set m to i
exit repeat
else
set i to (i - 1)
end if
end repeat
set baseName to (characters 1 thru (m - 1) of theText as string)
set texName to baseName & ".tex"
set namePath to dirNameunquoted & "/" & baseName as string
set pdfName to namePath & ".pdf" as string
set rtfName to namePath & ".rtf" as string
set logPath to namePath & ".log" as string
set logName to baseName & ".log" as string
set theFile to POSIX file x as string
tell application "Finder"
get displayed name of the file theFile
end tell
set docName to result
return {baseName, texName, pdfName, namePath, dirName, dirNameunquoted, logName, logPath, rtfName, docName} as list
end setnamebbedit_rootn
[/endquote]
copiado de aquí (también echa un vistazo a las otras sugerencias)