En primer lugar, una mejor manera de hacer copias de seguridad sería utilizar Time Machine. Esto mantendrá una copia de seguridad que se puede restaurar, tal como fue respaldada.
Simplemente copiar archivos a otro disco es un método de copia de seguridad adecuado, pero al copiar archivos de All My Files los copiará "fuera de contexto". All My Files es una especie de "carpeta inteligente" que muestra dinámicamente documentos desde su Mac o iCloud Drive. Esta vista puede ser útil para verlos y acceder a ellos. Sin embargo, esta vista de esos archivos no muestra ninguna jerarquía de carpetas en la que esos archivos se almacenan realmente.
Nota que uno de esos archivos que has copiado es __init__.py, que es un archivo especial para el lenguaje Python. Supongo que originalmente estaba ubicado en una carpeta, tal vez, de un repositorio clonado de GitHub. Copiar este archivo a una "copia de seguridad" está bien, pero para que sea útil, debe mantenerse con los otros archivos/carpetas con los que estaba.
Uno de los elementos más importantes al hacer copias de seguridad es que los datos respaldados puedan ser restaurados más tarde en un estado utilizable, tal como se organizaron originalmente. Por eso estoy recomendando hacer copias de seguridad con una herramienta, como Time Machine. O, si prefieres hacer una copia de seguridad de un conjunto más pequeño de cosas desde tu computadora, debido al espacio limitado disponible en tu medio de copia de seguridad, no deberías hacer esas copias de una vista dinámica como All My Files. En cambio, haz copias de seguridad de las carpetas literales de las cosas que no deseas perder.
Ahora, en cuanto a todos esos duplicados, en ciertas situaciones al copiar archivos, el sistema operativo Mac OS incrementará un número "al final del nombre del archivo". Entonces, para el ejemplo de __init__.py, los duplicados se nombran todos como __init__NN.py. (Los archivos con números adicionales/incrementados al final, antes de cualquier último .nombre son copias adicionales.)
