La única manera que he encontrado, utilizando la aplicación Mail estándar de MacOS y un simple programa de duplicación de archivos, es:
- Exporta todos tus correos electrónicos como .eml (selecciona y arrastra los correos a una carpeta del Finder, desde la aplicación Apple Mail). Ver respuesta https://apple.stackexchange.com/a/350900/278784 para más detalles sobre cómo exportar, pero también importar de nuevo después de que se hayan hecho las eliminaciones. Tenga en cuenta que al seleccionar muchos correos electrónicos y arrastrarlos a una carpeta, en mi caso tardó mucho tiempo sin que aparentemente ocurriera nada hasta que los archivos .eml fueron realmente exportados.
- Utilice un software de archivos duplicados, yo uso Duplicate File Finder de la App Store, que es gratuito para la eliminación exacta de archivos duplicados. Elimine todos los duplicados que encuentre. Esto funcionó muy bien para mí, encontró todos los duplicados (creo, porque tengo >100 000 correos electrónicos así que...).
- Importe de nuevo los archivos .eml restantes, también utilizando los detalles de la respuesta enlazada anteriormente. A continuación, puede eliminar todos los correos electrónicos originales, o hacerlo antes de importar de nuevo los correos electrónicos limpiados, pero asegúrese de tener una copia de seguridad.
Como referencia, exportar ~10 000 correos electrónicos en archivos .eml en una carpeta me llevó más de 2 horas. Durante ese tiempo, pude comprobar si algo estaba sucediendo realmente mirando en el Monitor de Actividad: Mail.app estaba usando alrededor del 80% de un núcleo del procesador, incluso bajando más tarde a menos del 30% después de un tiempo. Por otra parte, Mail.app, cuando no hacía nada, sólo utilizaba mucho menos del 1%.