Para asegurarnos de que estamos hablando de manzanas con manzanas cuando nos referimos a Dropbox.
En el sistema operativo la carpeta bajo público llamada "Dropbox" no es la misma que el servicio común de compartir en la web "Dropbox". La convención de la Apple permite a otros usuarios soltar archivos para que usted acceda a ellos sin conceder a otros usuarios acceso a otros archivos en su carpeta de usuario. El "dropbox" de apple se encuentra en ~/public/dropbox/ Una vez que recuperes un archivo de esa carpeta, lo colocarás en tu propio sistema de archivos donde quieras acceder a él normalmente.
Si utilizas el servicio de compartición web "Dropbox" tendrás que instalar ese programa y configurarlo para que se sincronice con una de las carpetas de tu carpeta de inicio fuera de la carpeta pública.
Suponiendo que estés al tanto de todo lo que dije arriba el programa Dropbox deberá ser actualizado y reconfigurado para El-Capitan ya que se establecieron nuevos elementos de seguridad para gestionar el acceso a los recursos de la red desde los programas y servicios.
Yo sugeriría desinstalar DropBox de tu ordenador (sea cual sea la versión que tengas instalada) y luego instalar la versión actualizada configurada en la carpeta que quieres sincronizar y reiniciar tu ordenador. Los archivos deberían empezar a sincronizarse entonces. Si no lo hacen revisa la consola para ver qué está ocurriendo para bloquear el acceso.
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He notado el mismo comportamiento recientemente. Cuando intenté copiar un archivo que no aparecía en Finder recibí un mensaje de advertencia preguntándome si quería sobrescribir un archivo existente.