Tuve algunos problemas extraños al copiar texto de un PDF en mi iPad (siempre me salía un montón de ????), así que decidí pasar mi pdf por xpdf para ver si eso arreglaba las cosas:
pdftops naughty.pdf intermediate.ps
pstopdf -o good.pdf intermediate.ps
Sin embargo, después de ejecutar el primer comando, obtuve el siguiente error:
Config Error: No display font for 'Helvetica-Bold'
Config Error: No display font for 'Times-Bold'
Config Error: No display font for 'Times-BoldItalic'
Config Error: No display font for 'Times-Italic'
Config Error: No display font for 'Times-Roman'
En una instalación de Linux, normalmente resolvería esto instalando un paquete de fuentes, pero no estoy seguro de qué hacer en OS X.