Estoy teniendo el mismo problema y creo que es un error del sistema (10.10.1) sin ninguna buena solución. Incluso si usted no tiene espacios adicionales en la pantalla secundaria, un espacio extra aparecerá en la pantalla principal en cada reinicio.
Le resumiré los distintos enfoques que he probado y los resultados de cada uno. Sólo el primero me lo solucionó totalmente, pero no es el ideal ya que tienes que acostumbrarte a convertir tu pantalla secundaria en la nueva pantalla principal.
(Mis dos pantallas tienen tamaños diferentes, lo que limita las formas de solucionarlo).
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Si tu pantalla secundaria está siendo vista por tu Mac como "primaria" (¿aparece primero aquí el logo de Apple de la pantalla de arranque?), entonces puedes usar las preferencias de Pantalla, en Disposición, para mover la barra de menú a tu pantalla secundaria. Lo he probado y se soluciona el problema, pero ahora todo se muestra por defecto en la pantalla secundaria. Constantemente verás nuevas notificaciones, nuevas ventanas, etc. apareciendo en la pantalla secundaria. No es lo ideal, pero solucionó el problema de los espacios que son empujados a la pantalla principal después de cada reinicio.
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Si su pantalla secundaria está siendo vista por su Mac como "primaria" (¿aparece primero el logotipo de Apple en la pantalla de arranque?), entonces tal vez puedes intercambiar los puertos donde se conectan estas pantallas. Compré los adaptadores para hacer esto, pero fue un fracaso total para mí. No importaba donde conectara mi pantalla más pequeña, el Mac siempre la elegía como pantalla de arranque. Incluso borré todas las preferencias de pantalla y borré la PRAM para empezar de cero... no importaba lo que intentara, la pantalla secundaria más pequeña arrancaba como la principal. A menos que hayas configurado la barra de menús en esta misma pantalla en las preferencias, el error del que informas se mantendrá.
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En el foro de Apple Varios usuarios han informado de que desactivar el inicio de sesión automático lo ha solucionado por completo. Este truco tampoco me funcionó. El proceso de arranque era más agradable porque ya no tenías que ver las imágenes del escritorio cambiando de lugar y de tamaño, pero después de iniciar sesión, el problema de root de los espacios que se desplazaban a una pantalla seguía existiendo.
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Desactiva la opción "las pantallas tienen espacios separados" en las preferencias de Mission Control. No es una solución práctica. Es como matar al paciente para curar la enfermedad. Es evidente que existe un error al utilizar espacios separados que debe solucionarse urgentemente.
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Si tus dos pantallas son del mismo tamaño y no te importa cuál es la principal, entonces la pantalla que contenga el logo de Apple en el arranque se convertirá en tu pantalla principal. Utiliza las preferencias de pantalla, en Disposición, para mover la barra de menú a esta pantalla. A continuación, colócalas físicamente en el escritorio de tu ordenador a tu gusto. Esta es la única solución perfecta, pero obviamente sólo funciona cuando no te importa qué pantalla física se establece como la principal.
EDITAR :
Desde que publiqué esta respuesta, envié este error a Apple utilizando mi cuenta de desarrollador de Apple el 18 de diciembre de 2014. El estado actual de mi informe de error (19299246) es "abierto". Actualizaré esta respuesta a medida que siga el error con Apple.
