Tuve problemas similares después de cambiar el Hdd por un Ssd. Lo único que me solucionó el problema fue este enlace. https://www.davidschlachter.com/misc/kernel_task
Si por alguna razón el enlace no funciona, esto es de la página.
El throttling se implementa como una extensión del kernel, que Rhys Oxenham sugiere desactivar eliminando el plist en sus Recursos correspondiente al modelo del Mac. Sin embargo, la lista de Macs identificados por archivos plist no se ha actualizado desde hace algunos años. Nuestro Macbook Air de 2013 (MacbookAir6,2) está ausente. El X86PlatformPlugin.kext (también en la carpeta plugins del IOPlatformPluginFamily.kext) tiene otros Macs identificados por su placa base (ver comentarios en este post). En mi caso, probé a desactivar las extensiones ACPI_SMC_PlatformPlugin.kext y X86PlatformPlugin.kext, pero no tuvo ningún efecto.
Lo que sí me ha funcionado es desactivar la extensión del kernel padre IOPlatformPluginFamily.kext. Hasta ahora no he notado ningún efecto adverso. Obviamente, no me hago responsable de los daños que se produzcan si pruebas esto y tienes problemas.
Esto es lo que hice:
En primer lugar, tuve que desactivar SIP (ya que estamos ejecutando OS X El Capitan) arrancando en modo de recuperación (arrancando mientras se mantiene command-R), abriendo el Terminal (en el menú Utilidades), y ejecutando el comando csrutil disable (más detalles en StackExchange).
A partir de ahí, arranqué en modo de usuario único manteniendo pulsada la tecla Comando-S al arrancar. Después de montar el sistema de archivos (fsck -y; mount -uw /), hice una copia de seguridad de la extensión IOPlatformPluginFamily.kext utilizando rsync:
rsync -av /Sistema/Biblioteca/Extensiones/IOPlatformPluginFamily.kext /Usuarios/Compartidos/
(Para restaurar la extensión desde la copia de seguridad, utilizaría rsync -av /Users/Shared/IOPlatformPluginFamily.kext /System/Library/Extensions/)
Luego borré la extensión y reinicié:
rm -rf /Sistema/Biblioteca/Extensiones/IOPlatformPluginFamily.kext; shutdown -r now
Después de arrancar, el ventilador sigue funcionando a toda velocidad, pero la ralentización ha desaparecido