WebKit es, de hecho, el sólo motor de renderizado permitido en la App Store, pero tienes que usar la versión preinstalada de Apple, no la tuya. Un poco de relevancia:
Directrices de revisión de la App Store §2.17
Las aplicaciones que navegan por la web deben utilizar el marco WebKit de iOS y WebKit Javascript
Así que es posible que, si no se califica como "navegar por la web", tenga una oportunidad de pasar por eso. Algunas de las partes más importantes de WebKit en el iPhone también son de código cerrado .
WebCore, como parte de WebKit de Apple, es aceptado, pero no parece posible con estas directrices modificarlo, y creo que todavía hay que pasar por el marco de WebKit. Mucha gente utiliza JavaScript con JSCore en el WebKit por defecto.
La elección de desautorizar todos los demás frameworks web es honestamente un poco extraña, pero parece que podrías tener que hacer algo además de eso; realmente depende de lo que quieras cambiar o añadir de Chromium/WebKit.