La razón por la que se le pregunta a la transferencia de las compras es porque tu Mac no tiene las apps y los datos asociados con dichas aplicaciones (por ejemplo: juego de datos, documentos, etc).) en el archivo en el equipo. Cuando se transfieren, puede correctamente una copia de seguridad sin perder sus datos.
Como lo que yo puedo decir, no hay ninguna manera alrededor de ella; usted va a tener que transferir los archivos. Después de eso, ir a la pestaña "Apps" en su iPad sección de iTunes y la desactiva. Esto debería detener la sincronización de tus aplicaciones. Hacer lo mismo con los "Libros" de la sección.
En cuanto a la pregunta de si es o no de las aplicaciones y los libros están en iCloud, lo son. Cada canción, álbum, vídeo de la música, programa de TELEVISIÓN, la aplicación o el libro que has descargado está asociada a tu ID de Apple y se puede volver a descargar sin cargo extra.
Espero que esto resuelve el problema.