La sincronización de los atajos de teclado entre iOS y OS X no funciona correctamente

En primer lugar, para responder a sus preguntas:

• Los atajos de teclado sí se sincronizan entre OS X e iOS. Sin embargo, en mi experiencia siempre ha sido bastante lenta, ya que el Mac tarda en reconocer los atajos de teclado que añado en el teléfono.
• Para desactivar la sincronización habría que desactivar la sincronización de documentos y preferencias , lo que también deshabilitaría un buen número de cosas que deberían estar sincronizadas, así que esto no es realmente una opción.
• Parece que los accesos directos se almacenan en varias ubicaciones en un iPhone. Algunos de ellos se pueden eliminar (que es lo que ocurre cuando se borra un acceso directo), pero otros no. Estos accesos directos no eliminados se sincronizan de nuevo con iCloud, causando tus problemas. Hay una Mensaje en el foro de Apple detallando cómo eliminar los accesos directos, que tal vez quieras probar (bajo tu propio riesgo, eso sí).

Ahora, algunos arreglos:

• Podrías cambiar tus accesos directos. Por ejemplo, tener un prefijo como ;; delante de tus accesos directos para asegurarte de que sólo expandes lo que realmente quieres. Además, no supone un gran esfuerzo para escribir. Del mismo modo, yo uso l@g para ampliar mi dirección de correo electrónico, lo que no supone ningún problema ya que nunca escribo l@ en cualquier otro lugar. Esto podría llamarse una solución, pero parece que es la única opción que debería funcionar de forma fiable.
• Utilizando TextExpander deberías poder configurar la sincronización más fácilmente. Sin embargo, no tengo ninguna experiencia con ella, y recomendaría la primera solución.

No es una respuesta completa, sino un método de trabajo...

si utilizas frases comunes para sustituir el texto, acepta que tendrás conflictos.
Utiliza algo que no se produce de forma natural en tu escrito.
myeml sería un desencadenante justo para su dirección de correo electrónico, myaddy para su correo postal, etc.

Me parece que los recuerdo mejor si normalmente son una palabra común; sin embargo, eso causaría conflictos, así que en su lugar antepongo a todos mis desencadenantes el prefijo 'nc' [originalmente porque guardaba cosas como esta en las tarjetas de notas y también porque no conozco ninguna palabra que empiece por nc, así que se eliminan los posibles conflictos], de modo que ncapple generaría el símbolo de Apple, etc.

El problema de la sincronización es independiente y, por lo que sé, es un error, aunque se ha mantenido durante muchos años.
El cambio de una sustitución de texto en el Mac se sincronizará a través de iCloud con mi iPhone. Sin embargo, también desencadenará una resincronización en la otra dirección & la sincronización se fusiona incorrectamente [imo] en lugar de ser reemplazada, por lo que obtienes viejos disparadores que se sincronizan de nuevo con el Mac en lugar de ser reemplazados por la nueva versión que acabas de hacer, dejándote con el .
La única solución que he encontrado para esto es ir inmediatamente a tu iDevice y eliminar los disparos no deseados antes de que se produzca la sincronización.
Configuración > General > Teclado > Sustitución de texto.
Una molestia, pero una solución repetible.

Toda la discusión se basa en una terminología muy confusa. El término atajo de teclado debería reservarse a los verdaderos atajos, por ejemplo, Cmd-S para guardar un documento. Lo que se discute aquí, sin embargo, no son atajos de teclado sino lo que Apple llama Reemplazos de Texto. El propósito es reemplazar alguna abreviatura bastante críptica a un texto largo deseado. Esto también se conoce como expansión.

En iOS, estas sustituciones de texto en expansión deben definirse y editarse aquí: "General -> Teclado -> Reemplazo de texto" Bajo OS X, por ejemplo OS X 10.11.x (El Capitan) estos reemplazos de texto se encuentran aquí: "Apple negra -> Preferencias del sistema... -> Teclado -> Texto" (tenga en cuenta que la pestaña cercana 'Atajos' NO sirve para expandir los reemplazos de texto, sino que permite gestionar los atajos de teclado reales, como el mencionado Cmd-S).

En mis sistemas, los reemplazos de texto en expansión tampoco se sincronizan correctamente. Todavía estoy tratando de averiguar algún método para superar eso, pero me temo que, por todo lo que he aprendido hasta ahora, los reemplazos de texto se encuentran entre una de las características de sincronización con más errores, donde la esperanza de una solución parece inútil (al menos yo no aguantaría la respiración para que Apple resuelva esto). Desgraciadamente, la sincronización en general, tal y como está actualmente, dista mucho de funcionar con solidez en todos los casos. Hablo por experiencia con Dropbox, Sugarsync, mycloud etc. donde el software iCloud de Apple no es la menor excepción. En mi experiencia en los sistemas de Apple sólo las entradas del calendario y los registros de la libreta de direcciones se sincronizan bien desde hace varios años. Todo lo demás experimenta repetidamente hickups o incluso falla drásticamente tarde o temprano.