Filemaker versiones anteriores a la 12 puede o no puede funcionan bien en OS 10.10.x
Desde Soporte de Filemaker :
FileMaker 12 y las versiones anteriores de FileMaker no han sido probadas ni certificadas con certificadas con OS X Yosemite (10.10). Estos productos se desarrollaron y lanzados antes de que OS X Yosemite estuviera disponible.
Aunque estas versiones anteriores pueden instalarse y ejecutarse en OS X Yosemite (10.10), puede encontrar problemas de instalación y estabilidad para los que no hay resolución . (Cursiva añadida)
Aunque puedes conseguir que las versiones más antiguas (la versión 9 se lanzó en los días de OS X 10.5) funcionen en los sistemas más nuevos, es un acierto. Puedes probar a hacer una nueva instalación de FileMaker para ver si consigues que funcione. Tenga cuidado de mantener una copia de seguridad de sus datos. Me imagino que si todavía está usando FM 9, tiene una gran cantidad de datos importantes que se han acumulado en su solución a lo largo de los años.
En cuanto a los archivos exactos que faltan entre sus instalaciones, eso requeriría una mirada profunda en ambas instalaciones y comparar cada pequeño archivo en el sistema. Es un dolor insoportable. Es imposible determinarlo sin acceso al sistema en cuestión.
Los archivos que hay que comprobar son los archivos del sistema en el ~/Library/Application Support/FileMaker
y posiblemente en otros lugares.
Hay varios desarrolladores profesionales que pueden ayudarle a migrar su solución a una versión más reciente. (la actual es FileMaker 14) Esto es caro, pero si su negocio depende de los datos y el tiempo de inactividad es crítico, es un pequeño precio a pagar. Convertir un archivo de .fm7 a .fm12 no es trivial, pero no es muy difícil para un desarrollador experimentado. (No asumo su nivel de desarrollo aquí.) Esto probablemente sería lo mejor ya que prolongará la vida de su solución. Especialmente con OS X 10.11 a la vuelta de la esquina.