¿Se permite un archivo binario en la AppStore en una aplicación de IOS?

No veo ninguna señal de alarma en las pautas publicadas.

• https://developer.apple.com/app-store/review/guidelines/

Sin embargo, debes crear una aplicación y enviarla a TestFlight y luego a la venta para averiguar si tu vista de la aplicación coincide con la vista del personal de Apple.

• https://developer.apple.com/documentation/storekit/skdownload/

Si el tamaño de tu aplicación es grande, es posible que te rechacen por varias razones (el analizador estático señala la aplicación, la aplicación solo se descarga con WiFi, etc...).

Si interpretara entre líneas, parece que Apple quiere ser el distribuidor de código de iOS y no ocupar el lugar de proporcionar tus servicios backend para la distribución de contenido + distribución de código. A menos que uses compras dentro de la aplicación para aprovisionar estos binarios, tu aplicación probablemente debería descargar estos activos al sandbox de almacenamiento local o utilizar la aplicación de archivos para almacenar los binarios. El envío de una nueva versión solo para cambiar un activo incrustado te limita más a ti que a Apple. Para una aplicación lo suficientemente pequeña, quizás no importe.

• https://developer.apple.com/wwdc15/214

Yo usaría buckets de S3 u otro backend personalmente con descargas a demanda para que mi aplicación sea más limpia para enviar y revisar, pero quizás tu diseño sea mejor para tus necesidades. Si el archivo es pequeño y cambia raramente, no importará mucho inicialmente.