Viendo tu gráfico de carga de CPU (@200%) parece que tu máquina puede manejar 4 hilos. Cada hilo puede manejar el 100% de la carga de la CPU. 4 núcleos (virtuales) pueden manejar 4 hilos, y 4 hilos pueden manejar un total de 400% de carga de CPU. Así que el 200% sólo significa que 2 núcleos están trabajando al 100%.
No sé por qué están atascados al 100%. Podría ser algo en su código. Podría ser algo en el código de MATLAB. ¿Hay algún tipo de herramienta de depuración dentro de MATLAB? También podrías probar en los foros de MATLAB.
Si su código se comporta de forma diferente en el mismo hardware utilizando la misma versión de MATLAB, díganoslo y podremos intentar solucionarlo a partir de ahí.