Libimobiledevice (y técnicamente, usbmuxd también), como has mencionado, es el equivalente funcional de adb en el mundo iOS, en el sentido de que te permite comunicarte con tus dispositivos iOS a través de USB.
libimobiledevice no proporciona ninguna API que yo conozca que permita activar el modo avión.
Sin embargo, lo que sí se puede utilizar es la Automatización de la UI en un dispositivo iOS. Puedes crear un script que simule que un usuario abre la app de Ajustes y activa el Modo Avión.
Si tu máquina es un Mac, puedes usar Appium (un framework que se basa en UI Automation). En Appium, primero tendrás que crear una sesión de automatización de pruebas y luego activar el modo avión. Existe un código de ejemplo en Internet que explica cómo hacerlo.
Si tu máquina no es un Mac, puedes seguir usando Appium pero con un giro: puedes usar herramientas comerciales como Appium Studio, Quamotion WebDriver o xcuitrunner.