Está relacionado con FileVault en el sentido de que los emparejamientos Bluetooth se almacenan por usuario, no por máquina. Por lo tanto, hasta que no te conectes (y por lo tanto desbloquees tu cuenta) la máquina no puede volver a emparejarse con tus dispositivos. La configuración de la retroiluminación del teclado también se almacena por usuario por alguna razón, por lo que no hay retroiluminación hasta que se inicie la sesión. Como la suspensión no te cierra la sesión, todo sigue funcionando.
Un problema relacionado es que los teclados Bluetooth tampoco funcionan durante el arranque (a mí nunca me pasó). Así que si alguna vez necesitas entrar en modo recovery, necesitas un teclado USB si el interno se rompe. No sé cómo el teclado inalámbrico de Apple se salta todo esto, pero supongo que hacen trampas y utilizan una extensión no oficial del Bluetooth.
Si se empareja al dongle de Logitech, todo funcionará ya que es esencialmente un dispositivo "USB". Si abrir la tapa cada vez es molesto, tu único recurso parece ser emparejar al dongle así como al Bluetooth y conectar el dongle para iniciar sesión (y cambiar el selector 1/2/3) lo cual suena casi igual de mal.
Espero que todo esto haya servido de ayuda.
