Eso depende de cómo se haya hecho la aplicación.
Las aplicaciones están pensadas para definir la posición de los componentes de la interfaz en función de su distancia a los bordes de la pantalla mediante una tecnología llamada AutoLayout (incluida en Xcode, el entorno de desarrollo para dispositivos Apple).
Si la aplicación fue hecha con AutoLayout entonces sí, se escalará.
En cuanto a si funcionarán o no, las aplicaciones del iPhone y del iPod ya se pueden utilizar en el iPad, así que no debería haber ninguna razón para que las aplicaciones del iPad no funcionen en el Pro.
Sin embargo, cuando la interfaz contiene muchas cosas y la interfaz fue diseñada para una pantalla más grande, los componentes podrían quedar aplastados. Si se requieren tecnologías particulares (por ejemplo, el Apple Pencil) no funcionarán en los iPads normales.