Parece que has instalado la versión X11 de Zathura. Para la versión con integración nativa en MacOS, siga las instrucciones siguientes OSX_native_integration :
# unlink installed zathura and girara
brew unlink girara
brew unlink zathura
# install HEAD
brew install girara --HEAD
brew install zathura --HEAD
mkdir -p $(brew --prefix zathura)/lib/zathura
ln -s $(brew --prefix zathura-pdf-poppler)/libpdf-poppler.dylib $(brew --prefix zathura)/lib/zathura/libpdf-poppler.dylib
O, si aún no has instalado Zathura
brew tap zegervdv/zathura
brew install girara --HEAD
brew install zathura --HEAD
brew install zathura-pdf-poppler
mkdir -p $(brew --prefix zathura)/lib/zathura
ln -s $(brew --prefix zathura-pdf-poppler)/libpdf-poppler.dylib $(brew --prefix zathura)/lib/zathura/libpdf-poppler.dylib