He copiado esta sección de: http://www.igeeksblog.com/how-to-export-ibooks-from-iphone-ipad-to-computer/ No estoy seguro de que sea útil para usted.
1). Consigue un explorador de archivos. Normalmente, iExplorer debería servir. 2). Conecta tu iPhone o iPad al ordenador y enciende iExplorer 3). Abre tu iPhone/iPad como dispositivo montado y navega hasta Media Books Purchases
Lo más curioso es que no podrás descifrar qué archivo corresponde a qué libro de tu biblioteca porque, al igual que la música, los nombres de los archivos están encriptados. No obstante, ya puedes copiar cosas. Este método de carpetas te permite acceder a todos los archivos, incluidos los .epub, .pdf y todos los tipos que hayas comprado. Tal vez quieras consultar convertidores de epub a pdf para hacer una copia legible de los iBooks epub que tengas.