Todos estos son independientes.
Si tenías una cuenta de desarrollador bajo alguna otra empresa, no deberías usarla ya que realmente pertenece a la empresa, y si tienen buena seguridad deberían haberla revocado.
Puedes crear tantos Apple IDs y cuentas de desarrollador como desees.
El ID de desarrollador y el ID de Apple pueden ser el mismo, lo cual creo que es lo que la mayoría de la gente querría - siempre y cuando sea personal y no esté relacionado con ninguna empresa u organización.
Tengo Apple IDs y cuentas de desarrollo separadas por razones históricas, ya que la cuenta de desarrollador comenzó mucho antes de que existiera el dominio @mac.com para los IDs de apple.
De hecho, tengo dos cuentas de desarrollador, una para uso personal y otra para uso en el trabajo.
Para obtener una cuenta de desarrollador paga, simplemente ve aquí, elige iOS o Mac e inscríbete
Para una cuenta gratuita, ve aquí que te ofrece la opción de usar tu ID de Apple o tener uno separado.