Poco probable. MA sólo transfiere los archivos del usuario, las aplicaciones y cualquier archivo asociado que esas aplicaciones necesiten para funcionar (como Photoshop, que instala cosas en /Biblioteca, y no sólo en el directorio de tu usuario particular, aunque también lo hace).
En todo caso, lo único que se puede romper son las aplicaciones que se están migrando o no transferir algunos de sus archivos (música, documentos, etc.).
El panel de preferencias del Ahorro de Energía se encuentra en /Sistema/ y eso no se modifica en absoluto con MA. No se escribe nada en el directorio "/System", que es donde se encuentra el sistema operativo (y sus archivos principales) (entre otros lugares, no visibles para el usuario final).
Puede ser que la configuración del Ahorro de Energía esté dañada (y ésta reside en el directorio del usuario, concretamente en ~/Librería/Preferencias/).
La mejor solución, sería arrancar usando la utilidad de recuperación (o el modo seguro) y borrar el directorio del usuario (por ejemplo, /Users/{su nombre de usuario}) e iniciar el asistente de migración de nuevo una vez que reinicie normalmente (en ese momento OS X le llevará a través del proceso de registro de nuevo). Obviamente, esto eliminaría todos los archivos de ese usuario (música, películas, etc.), así que asegúrate de tener copias de seguridad de todo.
Alternativamente, puedes entrar en OS X, crear una nueva cuenta de administrador (pero no utilices la convención de nombres habitual, llámala Jonny Appleseed/john, por ejemplo) utilizando la opción Usuarios y Grupos de las Preferencias del Sistema, cerrar la sesión y volver a entrar con esa nueva cuenta, y luego eliminar tu antigua cuenta de administrador, y volver a crearla siguiendo los mismos pasos que hiciste con la cuenta con la que has entrado actualmente. Una vez hecho esto, cierre la sesión y vuelva a entrar con su nueva cuenta, y elimine la cuenta de administrador adicional. Esto asegurará que tu nueva cuenta se configure usando la misma convención de nombres que tu cuenta original (haciendo las cosas más fáciles para MA).
Ejecutar MA después de eso, debería transferir todos los archivos de nuevo limpiamente sin tener que preocuparse de que algunos se sobrescriban o no se sobrescriban.
También hay que tener en cuenta que MA sólo copia los archivos y no los mueve. Así que todos los archivos de origen siguen allí y una vez que elimine el directorio de usuario, será un nuevo comienzo total.
