MacFuse y similares no han sido "descartados" - siguen funcionando perfectamente en las últimas versiones de MacOS.
Apple ha lanzado un lista de KPIs (interfaces de programación del kernel) que ahora están obsoletas. Esto afecta principalmente a las interfaces relacionadas con la red y el USB. No afecta a los KPIs VFS que utilizan los sistemas de archivos.
En futuras versiones, es probable, dada la dirección que ha tomado MacOS, que los KPI de VFS también queden obsoletos al menos en las máquinas Apple Silicon. En ese momento, Apple probablemente publicará alternativas - o eliminará la funcionalidad. Pero eso aún no ha sucedido, y nadie puede saber cómo resultará.
La única API más reciente en este ámbito es la NSFileProviderReplicatedExtension pero está dirigido sobre todo a los sistemas de archivos en la nube, como DropBox, Google Drive y similares.
Si Apple decide eliminar por completo el soporte para los sistemas de archivos de terceros dentro del kernel sin proporcionar una alternativa en el espacio de usuario (lo cual no es evidente que vaya a hacer) - entonces siempre puedes implementar tu sistema de archivos en el espacio de usuario e interconectarlo como un sistema de archivos de red.