A diferencia de Windows, los archivos de sistema de OS X tienen un tamaño bastante eficiente y una estructura estable, por lo que no creo que encuentres muchas oportunidades ahí para liberar espacio en el disco. Los archivos de preferencias son relativamente pequeños y es muy probable que cualquier paquete a nivel de sistema se haya eliminado junto con toda la carpeta.
La mayor parte de la "basura" se encuentra en las cachés y los archivos basura de las aplicaciones antiguas. Busque en su carpeta ~/Library y ~/Library/Preferences y elimine las carpetas pertenecientes a las aplicaciones eliminadas.
Hay mucho más que se puede hacer, pero en lugar de estropear el sistema, le sugiero que utilice programas de utilidad como CleanMyMac . He liberado 44 GB según esa aplicación.
Antes de hacer cualquier otra cosa, consiga GrandPerspective para que pueda ver lo que realmente está utilizando el espacio.