Google Chrome tiene una función llamada Lanzador de aplicaciones . Si instalas cualquier aplicación de esa parte de la tienda, el navegador pondrá los shims de las aplicaciones en ~/Aplicaciones (también pone una copia idéntica en ~/Librería/Application Support/Google/Chrome/Default/Web Applications/LONG_RANDOM_IDENTIFIER/). Si hace esto, deberías tener una carpeta dentro de ~/Aplicaciones llamada "Chrome Apps". Puedes ver a los desarrolladores de Chrome tomando la decisión de usar la carpeta ~/Applications aquí . Si has instalado alguna aplicación de Chrome, sólo tienes que desinstalarla y borrar la carpeta "Chrome Apps" y entonces Chrome no debería volver a crear la carpeta.
Si utilizas Chrome Canary, por defecto instala calzas para Gmail, Google Drive, Google Search y YouTube. Pero si eliminas la carpeta "Chrome Canary Apps" no parece que la vuelva a crear.
Sin embargo, hay otras aplicaciones que se instalan en esa carpeta. En mi propia máquina, Steam ha instalado shims para juegos y GitHub ha elegido instalar su aplicación allí en lugar de /Applications por alguna razón (puede que se me haya solicitado, no lo recuerdo).
Sin embargo, como dijo Tetsujin, tener una carpeta de aplicaciones dentro de tu propia cuenta de usuario no es algo de lo que debas preocuparte.