Por regla general, el sistema operativo se ocupa de sí mismo. Una actualización garantiza que el núcleo del sistema operativo está intacto, pero también desactiva el código que es demasiado antiguo para funcionar.
Si hubieras hecho una instalación limpia de todas formas - mucha lentitud, cuelgues, etc. Entonces esa es la razón para hacer una instalación limpia. En el pasado (10.4 y anteriores) el proceso de instalación era diferente al del asistente de migración, pero como el asistente de migración ha madurado, ahora se ejecuta siempre que se actualiza, así que a menos que se migren manualmente los archivos y las preferencias, no hay diferencia entre una instalación limpia y una actualización en el lugar (suponiendo que se seleccionen las aplicaciones y la configuración en el asistente).
A mí personalmente me encanta una instalación limpia y usar todos los valores por defecto durante una semana. Instalar conscientemente sólo lo que necesito me parece "correcto" y si me falta todo, siempre puedo borrar y migrar toda la configuración una semana después de usar el nuevo sistema operativo.
En resumen, para la mayoría de los usuarios, los cambios en el sistema operativo han desactivado a los peores infractores en términos de rendimiento, y el gatekeeper impide que la mayoría de las aplicaciones antiguas se ejecuten hasta que se les permita explícitamente. Si tienes problemas de rendimiento, siempre puedes activar ese interruptor y reiniciar para aislar la causa de la lentitud.