Haz siempre una copia de tus Documentos y Escritorio antes de pensar en desactivar iCloud.
Si se pulsa el botón de Guardar una copia, lo que realmente significa ese botón es.
"Voy a crear nuevas carpetas llamadas Documentos y Escritorio, estarán vacías cuando las abras"
Conservará la mayoría de tus archivos en la carpeta ~/Library/Mobile Documents/iCloud Drive.
Por Algunos archivos, me refiero a que algunos de los archivos contendrán referencias a los archivos de iCloud drive. Los verás aparecer normalmente en Finder pero no podrás verlos.
Por ejemplo wall1.jpg en el finder, si se examina de cerca en el Terminal se llama en realidad .wall1.jpg.icloud <-- cualquier intento de cambiar el nombre de ese archivo, dará lugar a un jpg vacío sin ningún dato en él.
Una cosa es cierta, la relación de iCloud Drive / Copia de seguridad de sus archivos es al revés.
Tu portátil debería ser el maestro donde iCloud actúa como una "copia de seguridad". En realidad, iCloud es el maestro y su portátil puede o no tener el contenido completo de esos archivos.
En cuanto a la "actualización", me imagino que sería una buena idea dejar que se ejecute, para minimizar las probabilidades de no tener todos los archivos locales "completamente presentes".