Puede ser una unidad de disco mala. Tener este mismo problema, el sistema extremadamente lento después de la restauración de la máquina del tiempo, todos los signos vitales comprobar bien, pero estoy usando un último 2015 iMac. Parece ser un problema bastante específico. Es importante tener en cuenta que este es un volumen APFS, ya que esto parece ser algo común. He actualizado a Mojave hace unos 3 meses.
Abrí la consola, y vi que constantemente se producían errores de btree inválidos cuando se intentaba acceder a los archivos, supongo que esa es la causa de la lentitud. Disk Utility encontró errores pero no pudo reparar, arrancando en modo de usuario único usando fsck no pudo reparar.
Decidí borrar el volumen y volver a instalar el sistema operativo. 2 minutos antes de terminar el primer paso de la instalación, apareció un error diciendo que había un problema con la instalación, y que "intentara de nuevo". Esto fue suficiente evidencia para decirme que este disco físico está mal.
Una cosa más a tener en cuenta sobre esto, mi unidad de Time Machine (unidad externa de 3TB WD) se estropeó al mismo tiempo No se puede reparar, no aparece al hacer una recuperación desde una copia de seguridad. No estoy seguro de qué hacer con eso, ya que es obviamente demasiado coincidente.