Esta función no es compatible con Pages '09. Si quieres hacerlo, tendrás que cambiar de programa de procesamiento de textos o crear manualmente tu tabla de contenidos maestra.
Cada tabla de contenidos (TOC) que se crea utilizando una plantilla de Procesamiento de Palabras enumera sólo el contenido que le sigue, hasta el siguiente tabla de contenidos. Si desea una tabla de contenidos maestra para todo el documento, debe ser la única tabla de contenidos, y debe estar al principio del documento.
Fuente: Guía del usuario de Pages '09 de Apple (página 64). La misma información se puede encontrar utilizando Páginas > Ayuda y buscando Creación y actualización de un índice de contenidos