Asumiendo que tienes PowerPoint instalado, esto es bastante simple usando Automator.
(Tengo Office 2011, así que no sé si esto funcionaría con el 2008)
Inicie Automator, y cree una nueva Acción de Carpeta, y elija la carpeta de entrada (es decir: la que contiene los archivos PPTX)
En la lista de Acciones, elija "Convertir el formato de las presentaciones de PowerPoint". En la opción "Nuevo formato", elija "Formato de documento portátil".
Guárdalo y cierra Automator, ¡y ya está!
Todos los archivos PPTX guardados en la carpeta elegida (tanto los preexistentes como los nuevos que guarde a partir de ahora) se convertirán automáticamente en PDF como copia adicional.
Espero que esto ayude.
-U