He intentado ocultar un icono del dock, pero no lo he conseguido

Sospecho que la aplicación Clock está firmada por el código, que es probablemente lo que está causando el accidente. Intenté hacer el mismo cambio de LSUIElement en el archivo plist a Clock.app y dio el mismo fallo. Algunas investigaciones me dijeron lo siguiente:

Hay un paso más en el proceso si el desarrollador ha firmado la aplicación con un Certificado de Desarrollador de Apple - y eso incluye todas las aplicaciones del Mac App Store. Sin este paso, es probable que se produzca un bloqueo al abrir la aplicación. Para evitarlo, tendrás que volver a firmar la aplicación utilizando el siguiente comando en el Terminal:

sudo codesign -f -s - /ruta_de_la_app/nombre_de_la_app.app

Sustituye "/ruta_a_la_aplicación/nombre_de_la_aplicación" por la ruta y el nombre de la aplicación para la que acabas de modificar el Info.plist. Después de hacer esto, pulsa enter, e introduce tu contraseña. La aplicación será re-codificada y usted debería ser capaz de lanzar la aplicación sin ningún problema.

fuente: http://www.maclife.com/article/columns/easy_mac_hacks_run_os_x_applications_without_their_dock_icon

He descargado Clock.app, he añadido la clave LSUIElement al archivo plist, y he renunciado a la aplicación, y parece haber tenido el resultado deseado que buscas.

Sin embargo, hay algunas consideraciones, la única forma en que pude cerrar la aplicación sin un icono en el dock fue usar el Monitor de Actividad y matar el proceso. El enlace que he pegado arriba también da algunas advertencias más que usted debe leer antes de hacer esto.

Haz una copia de seguridad, pruébala y dime si tienes el mismo éxito que yo.