¿Apple Time Machine encripta la copia de seguridad en el cliente o en el servidor/objetivo?

El cifrado de Time Machine se realiza en el cliente. Es el Mac el que se encarga de la encriptación cuando usted (en el Mac) ha elegido hacer copias de seguridad encriptadas.

El hecho de que almacene las copias de seguridad en un disco ext4 encriptado sólo significa que los datos están encriptados una vez más. Esto no te da "doble seguridad" ni nada por el estilo, pero tampoco te perjudica en nada.

La diferencia de velocidad sería probablemente insignificante. Hay una cierta sobrecarga involucrada en el cifrado de los datos, por supuesto, pero la conexión de red para la Raspberry Pi es probablemente va a ser el cuello de botella. Cualquier Mac razonablemente moderno no tendrá problemas para encriptar los datos para esa velocidad de transferencia, y lo hacen sin ninguna ralentización realmente notable.