Si reproduces el podcast antes de borrarlo, iTunes en el dispositivo iOS registrará ese hecho y sincronizará esta información con la biblioteca principal, incluso si borras el episodio antes de conectarte para sincronizarlo (a través de USB en iOS4).
La respuesta a tu pregunta depende más de cómo tengas configurada la sincronización. Si el episodio sigue siendo uno de los que se sincronizan (después de cualquier transferencia de información de reproducción), volverá a aparecer después de la sincronización.
Tanto si escuchas el episodio como si no, no se eliminará de la biblioteca principal simplemente porque lo hayas borrado de un dispositivo iOS. Es posible que se borre si tienes ese podcast configurado para que se elimine automáticamente una vez que hayas escuchado episodios anteriores, pero eso se debe a la escucha y a la posterior sincronización, no al borrado.