Applescript no deja que mi máquina se apague

Creo que el uso de on idle en lugar de repeat debería dejar de impedir el sueño.
Puedes comprobarlo en el Monitor de Actividad - pon el menú Ver en Todos los Procesos, luego desde las pestañas CPU o Memoria, haz clic con el botón derecho del ratón en la cabecera y añade Preventing Sleep, luego ordena por esto.

El return valor es para ociosos lo que delay es a una repetición regular. Su script existente está martillando alrededor tan rápido como puede ir, lo que realmente no necesita hacer.
Si no encuentra 00:00 la primera vez, entonces el else lo configura para que compruebe cada minuto hasta que lo haga, entonces el retorno sale a una hora completa. Estoy asumiendo que no necesitas precisión de milisegundos para esto ;)

on idle
    if the minutes of the (current date) is 0 then
        display notification "Time to standup" with title "Standup" sound name "Blow"
        return 3600
    else
        return 60
    end if
end idle

Guarda como una aplicación y marca 'Permanecer abierto después de ejecutar el controlador'.