Generalmente es difícil estrangular a Java, doblemente en este caso en el que la aplicación en cuestión está diseñada para concentrarse únicamente en el crujido de tantos números como sea posible. Afortunadamente, el minero del diablo tiene una opción "f" para retroceder los cálculos.
Es ensayo y error, pero puedes leer en este enorme hilo y buscar la CPU para más detalles.
"-f 1000 reducirá enormemente la velocidad del mhash, pero aumentará la interactividad del escritorio. -f debería ser un múltiplo o divisor de 60, los valores más bajos aumentan la velocidad pero disminuyen la interactividad del escritorio, los valores más altos hacen lo contrario."
Lo mejor es poner en marcha la GPU sólo porque la extracción de la CPU es muy costosa en términos de calor y electricidad, además de reducir el rendimiento.