La respuesta puede estar en el código de algunas aplicaciones.
¿Qué aplicaciones son compatibles con Path Finder?
La gran mayoría de las aplicaciones admiten Path Finder sin >problemas de compatibilidad, pero algunas aplicaciones van un paso más allá y tienen >integración especial incorporada.
Una pequeña lista de ejemplos:
Muelle A Quicksilver Mayordomo Manipulador de nombres DragThing Carpeta por defecto X Barra de inicio Cambiar Escritorio Algunas aplicaciones requieren el Finder de Apple para funcionar correctamente, ya que están >configuradas de esta manera. Si quieres que alguna de tus aplicaciones favoritas sea compatible, >visita nuestro foro y dínoslo.
Su foro se encuentra en http://www.cocoatech.com/forum/ . Mira a ver si encuentras alguna aplicación que utilices y que aparezca ahí con problemas. Finder es una parte tan integral del sistema operativo que reemplazarlo requiere aplicaciones no llamar Finder o para Path Finder para interceptar esas llamadas supongo.