Veo que ya has encontrado una manera, pero pensé en sugerir un método que podría ayudar y que tiene una GUI.
Desde mi experiencia, la Utilidad de Disco de El Capitán ha sido básicamente inútil, y he tenido varias veces como las que describes en las que se niega rotundamente a dejarte hacer cosas. Yo recomendaría encarecidamente conseguir la antigua y menos inútil Utilidad de Discos de Yosemite siguiendo las instrucciones aquí Ya que esto solucionó todos mis problemas recientemente:
Opción 1 - Desde una copia de seguridad
1. Copiar Disk Utility.app
de la /Applications/Utilities
de una copia de seguridad de Time Machine de Yosemite en algún lugar conveniente (como su escritorio)
2. Descargue un editor hexadecimal (personalmente me gusta Demonio del Hexágono )
3. Haz clic con el botón derecho en la Utilidad de Disco de Yosemite copiada y haz clic en "Mostrar contenido del paquete".
4. Ir a Contents/MacOS
dentro del contenido del paquete y abra el archivo llamado "Disk Utility" con su editor hexadecimal
5. Encuentra el trozo D584C00F 85440100
dentro del archivo (cerca o en la línea 25056 en Hex Fiend) y cambiar el '85' en la segunda mitad por '84'.
6. Guarde el archivo. Ahora debería poder ejecutar esta Utilidad de Disco copiada.
Nota: es posible que tenga que dar la propiedad de Root:wheel:
sudo chown -R 0:0 ~/Desktop/Disk\ Utility.app
Opción 2 - Desde una descarga
1. Copie su Utilidad de Disco de El Capitan en otro lugar además de /Applications/Utilities
2. Ejecutar este script , que descarga la actualización de recuperación de Yosemite, copia la Utilidad de Discos y parchea la versión para usarla en El Capitán.
Nota: También intenta copiarlo sobre la actual Utilidad de Discos de El Capitán, lo cual falló en mi máquina debido a los permisos del sistema. Pero esta es la razón por la que añadí el paso 1.