OS X 10.9.4 cierra la aplicación al dormir

Parece que tu Mac está configurado para cerrar la sesión automáticamente tras un periodo de inactividad.

Abra Preferencias del Sistema en el menú Apple de la esquina superior izquierda. Abra el panel de preferencias "Seguridad y privacidad". Pulse el botón "Avanzado..." en la esquina inferior derecha. Es posible que tengas que desbloquear el panel con el icono del candado situado en la esquina inferior izquierda.

Creo que encontrarás marcada la opción "Cerrar sesión tras XX minutos de inactividad". Quítale la marca.

Resumen: "Vuelvo al trabajo y el sistema está bloqueado (es decir, tengo que que poner mi contraseña), lo cual está bien, y todas las aplicaciones están cerradas. Sin embargo se reinician e intentan recuperar el estado en que las dejé".

Esto suena como si estuvieras cerrando sesión y volviéndola a abrir, mientras que lo que quieres es requerir una contraseña al despertar (pero permanecer conectado todo el tiempo para que ninguna de tus aplicaciones se cierre).

Ve a Preferencias del Sistema > Seguridad y privacidad > Avanzado... (puede que tengas que hacer clic en el icono del candado de la parte inferior izquierda para activar este botón). Asegúrate de tener desactivada la opción "Cerrar sesión tras X minutos de inactividad". Luego puedes habilitar "Requerir contraseña [inmediatamente] después de que comience la suspensión o el protector de pantalla".

Desde que instalé Yosemite veía este comportamiento. La respuesta de Alistair me llevó a comprobar Preferencias del Sistema/Seguridad y Privacidad. "En Yosemite se ha movido a la pestaña de privacidad, donde hice clic en el botón "Avanzado" y luego vi que la instalación de Yosemite había establecido un cierre de sesión por defecto que se produce después de 60 minutos de inactividad. Desmarqué la casilla y mis aplicaciones ya no se cierran cuando mi mac se pone en modo de suspensión. Problema resuelto. Gracias, Alistair.