¿Existe una aplicación para el iPhone 3GS que almacene los SMS entrantes de forma encriptada?

No creo que eso sea posible. Sin embargo, podrías enviar SMS encriptados. Así que, al final, los tendrás encriptados. SMS negro podría hacer el truco. Extraído de Gizmodo's revisión:

Así es como funciona. Cuando descargas la aplicación Black SMS, adjuntas una contraseña a tu mensaje y luego escribes lo que quieras en la aplicación. Una vez completado el mensaje, pulsa Enviar y la aplicación abrirá automáticamente tu aplicación de SMS. Pega el mensaje y el destinatario (y todos los demás) sólo verá una burbuja de texto negra. Es decir, una burbuja de texto negra secreta y encriptada. La persona que recibe el mensaje copia la burbuja negra y la desbloquea pegándola en Black SMS con la contraseña. Si parece complicado, lo es. Pero bueno, guardar secretos no es fácil.