Terminal: "Argumento no válido: dirname" (El Capitan)

Me di cuenta del problema cuando fui a ejecutar por primera vez

defaults write com.apple.finder AppleShowAllFiles YES

en el Terminal de OS X (10.11.2), pero esto fue devuelto

bash: /usr/bin/defaults: Invalid argument

No estoy seguro de lo que sucede con los valores predeterminados, pero también tengo un problema similar con la cerveza:

/bin/bash: /usr/bin/dirname: Invalid argument

Está claro que he roto algo (o quizás un malware), pero no estoy seguro de cómo lo he hecho ni de cuándo ha ocurrido. Esto está causando todo tipo de problemas. ¿Alguna idea para solucionarlo?

Mi variable PATH tiene este aspecto:

/Users/username/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/opt/X11/bin:/usr/local/MacGPG2/bin:/usr/texbin:/Users/username/.rvm/bin

EDITAR: Me he dado cuenta de que mi problema es similar a este: Errores en el disco duro de OS X Yosemite incluso después de repararlos pero no hay resolución.