¿Cuáles son las consecuencias de actualizar a OS X 10.7 Lion si tengo una unidad de arranque y una unidad de carpeta de inicio separadas en mi MacBook Pro?

Probablemente deberías hacer lo que ha dicho BMike como precaución, pero lo que también podrías hacer es crear carpetas de alias en la carpeta Empty Users Home del SSD. Las carpetas de alias estarían vacías, pero enlazarían con la carpeta real en el disco duro más grande. Para crear el alias, arrastra la carpeta actual a la carpeta de usuarios en el SSD mientras presionas command y alt a la vez, verás que el signo más verde en la carpeta se convierte en una pequeña flecha curva, mientras arrastras.

Todo lo que pongas en las carpetas de los alias irá a la carpeta correspondiente del disco duro más grande. ¡Esto también debería evitar cualquier problema con la actualización de Lion, sin embargo, al decir esto, usted no debería tener un problema de todos modos como todos los archivos del sistema operativo están en el SSD!

Espero que esto ayude.

Esto es lo que he hecho, y hasta ahora no ha habido efectos negativos:

1. Compre Lion en la Mac App Store para que el instalador esté en la carpeta de aplicaciones antes del paso 2...
2. Descargue y registre SuperDuper! y cree clones de las unidades de arranque y de almacenamiento (como el instalador de Lion está en la unidad de arranque, cualquier restauración restaurará el instalador de Lion, evitando que tenga que volver a descargarlo)
3. Confirme que el clon de la unidad de arranque arranca correctamente y que sigue viendo la carpeta de inicio original (configurada siguiendo las instrucciones de TUAW mencionadas en mi pregunta original).
4. Ejecute el instalador de Lion.

Era así de sencillo. Lion se instaló sobre la instalación de Snow Leopard sin problemas aparentes.

El único problema "más o menos" que he encontrado (y no está directamente relacionado con el OP) es que después de instalar Lion, activé FileVault. Dado que la unidad de arranque está separada de la unidad de almacenamiento, y FV sólo funciona en la unidad de arranque, creo que esto crea algún tipo de problema de permisos al tratar de acceder a la unidad de almacenamiento, de tal manera que se me pidió mi contraseña al realizar muchas acciones de archivo (movimientos y eliminaciones principalmente). El mayor problema aquí es que todo lo que utiliza Dropbox (en la unidad de almacenamiento) para sincronizar, como 1Password y TextExpander, me estaba dando errores de permiso y no estaba funcionando correctamente. TextExpander perdió la capacidad de utilizar la función de sincronización de Dropbox, y 1Password estaba lanzando un extraño error de sincronización.

Esto no ocurría antes de activar la FV. Como la información sensible está en la unidad de almacenamiento de todos modos, y nada de valor real está en la unidad de arranque, FV no tiene un gran beneficio para mí, así que simplemente lo desactivé y todo parece funcionar bien. Actualmente estoy investigando herramientas de cifrado de terceros para reemplazar FileVault.

También tuve problemas con los elementos de inicio de sesión que no se mantenían en el diálogo del panel de preferencias (en Usuarios y Grupos), pero al desactivar FV también se corrigió eso.