Depende del tipo de archivos creados:
En el caso de los archivos que la aplicación ha creado como archivos temporales, se podrán eliminar cuando no se haya accedido a ellos durante 3 días.
Para los archivos que la aplicación ha creado como archivos de caché, normalmente no se eliminan automáticamente. En su lugar, pueden eliminarse al realizar un arranque seguro (mantenga pulsada la tecla Mayúsculas mientras arranca su Mac).
Y no, mientras la aplicación mantenga abierto el archivo de creación (es decir, tenga una referencia al descriptor del archivo), nunca debería darse el caso de que el archivo se elimine del sistema de archivos antes de que la aplicación se cierre.
Tenga en cuenta que la aplicación puede trabajar, y lo hace, con archivos que no son visibles para un usuario normal. Por ejemplo, si su aplicación abre un archivo y lo mantiene abierto, el usuario puede eliminar el archivo y éste desaparecerá de los listados de directorios; sin embargo, el archivo sigue ahí y la aplicación puede acceder a su contenido sin problemas. Cuando la aplicación cierra el archivo (o la aplicación se cierra) - el archivo se elimina permanentemente del sistema de archivos.